Το Β’ Χειρουργικό Τμήμα στεγάζεται στον 4ο όροφο του νοσοκομείου με δυναμικότητα 20 κλινών και λειτουργεί με έμφαση στην εξατομικευμένη φροντίδα των ασθενών που αναλαμβάνει. Εφημερεύει εναλλάξ με το Α’ Χειρουργικό Τμήμα του νοσοκομείου. Με σύγχρονη ιατρική τεχνολογία και κορυφαίο ιατρικό και επιστημονικό προσωπικό, αντιμετωπίζει ευρύτατο φάσμα των παθήσεων της Γενικής Χειρουργικής.
Στον τομέα της γενικής χειρουργικής πραγματοποιούνται επεμβάσεις κλασσικής χειρουργικής, χειρουργικής ογκολογίας, αγγειο-ογκολογικής χειρουργικής και λαπαροσκοπικής χειρουργικής. Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στην αντιμετώπιση α) παθήσεων του μαστού, β) παθήσεων ενδοκρινών αδένων, γ) παθήσεων παχέος εντέρου και πρωκτού και δ) στη διεπιστημονική, πλήρη και εξειδικευμένη αντιμετώπιση πρωτοπαθών και μεταστατικών όγκων του ήπατος.
Αντιμετωπίζεται ετησίως μεγάλος αριθμός ασθενών, αφενός μεν με γενικά χειρουργικά προβλήματα – οξέα και χρόνια – αφετέρου δε με σοβαρές κακώσεις των ενδοκοιλιακών οργάνων κατόπιν ατυχημάτων οιασδήποτε αιτιολογίας. Οι πραγματοποιούμενες επεμβάσεις περιλαμβάνουν καλοήθεις και κακοήθεις παθήσεις τραχήλου, ενδοκοιλιακών και εξωπεριτοναϊκών οργάνων, παθήσεις μαλακών μορίων χρησιμοποιώντας όλες τις σύγχρονες τεχνικές συμπεριλαμβανομένων και των minimally invasive (ελάχιστα επεμβατικών - λαπαροενδοσκοπικών) τεχνικών. Αναλυτικότερα: επεμβάσεις θυρεοειδούς και παραθυρεοειδών, μαστού, στομάχου, δωδεκαδακτύλου, λεπτού και παχέος εντέρου, αιμορροΐδων, ραγάδων, συριγγίων, ήπατος, χοληφόρων και χοληδόχου κύστεως, παγκρέατος, σπληνός, επινεφριδίων, διαφραγματοκήλες, μετεγχειρητικές κήλες, βουβωνοκήλες και ομφαλοκήλες. Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται σε ογκολογικά και τραυματολογικά περιστατικά. Επιπλέον, πραγματοποιούνται χειρουργικές επεμβάσεις ημερήσιας νοσηλείας π.χ αποκατάσταση βουβωνοκήλης υπό τοπική αναισθησία. Τέλος, καλύπτονται και οι ανάγκες των ογκολογικών ασθενών με τοποθέτηση υποδόριων διαύλων χημειοθεραπείας (in fuse a port).
Η καθημερινή λειτουργία του Τμήματος περιλαμβάνει: συστηματική ανάλυση των υπαρχόντων περιστατικών με ταυτόχρονη διεξοδική συζήτηση (από τους ειδικευμένους ιατρούς) των διαφόρων προβλημάτων που αναφύονται – διαγνωστικών ή θεραπευτικών – προς εμπέδωση από τους ειδικευόμενους της μεθοδολογίας και των βασικών αρχών της Γενικής Χειρουργικής και επίσκεψη στους θαλάμους των ασθενών από το σύνολο του ιατρικού δυναμικού του Τμήματος. Το Τμήμα χορηγεί πλήρη ειδικότητα χειρουργικής και έχει να επιδείξει αξιόλογο ερευνητικό έργο με συμμετοχή σε εθνικά και διεθνή συνέδρια και δημοσιεύσεις σε εθνικά και διεθνή ιατρικά έντυπα.